În cadrul proiectului FOCUS: Formare Și Orientare pentru Cercetătorii UMFST în Sănătate, vă invităm să participați la un workshop de instruire practică dedicat unei tehnologii emergente în cercetarea biomedicală: Oxford Nanopore PromethION 2 Integrated – sistem de secvențiere de nouă generație cu citiri lungi

Locație: Centrul Avansat de Cercetări Medicale și Farmaceutice (CCAMF) – Laborator BIOMOL
Ora: 9:00 -18:00
Grup țintă: doctoranzi UMFST, postdoctoranzi UMFST
Data: 14.10.2026 – 16.10.2026

Workshopul își propune familiarizarea participanților cu principiile secvențierii prin nanopori și cu utilizarea practică a sistemului PromethION 2 Integrated pentru secvențierea directă, în timp real, a moleculelor de ADN și ARN, cu citiri lungi și foarte lungi, în cercetarea biomedicală și în diagnosticul molecular.

Workshopul își propune familiarizarea participanților cu principiile secvențierii prin nanopori și cu utilizarea practică a sistemului PromethION 2 Integrated pentru secvențierea directă, în timp real, a moleculelor de ADN și ARN, cu citiri lungi și foarte lungi, în cercetarea biomedicală și în diagnosticul molecular. Prin demonstrație și discuții aplicate, workshopul urmărește familiarizarea participanților cu o tehnologie emergentă de secvențiere și sprijină conversia rezultatelor științifice în aplicații cu relevanță clinică.

Tematica abordată

• Principiile secvențierii prin nanopori proteici: detecția la nivel de moleculă unică și citirea directă a ADN/ARN
• Pregătirea probelor:
  • Controlul calității și cuantificarea acizilor nucleici
  • Prepararea librăriilor (ligare, barcoding și multiplexare)
• Operarea sistemului P2i:
  • Încărcarea și verificarea celulelor de reacție (flow cells)
  • Configurarea și monitorizarea rulărilor în software-ul MinKNOW
  • Basecalling în timp real pe unitatea de calcul integrată
  • Spălarea și reutilizarea celulelor de reacție
• Gestionarea datelor de secvențiere: formatele POD5, FASTQ și BAM
• Aplicații: secvențiere de genom întreg, variante structurale, metilare ADN, secvențiere directă de ARN, metagenomică și diagnostic microbiologic rapid
• Prezentarea platformei portabile complementare MinION Mk1D
• Testarea  fluxului de lucru, de la încărcarea probei la vizualizarea datelor în timp real
• Discuție: integrarea secvențierii cu citiri lungi în proiectele doctorale și traseul de la rezultatul științific la aplicația cu relevanță clinică